Struktur organisasi Perumda Mual Na Tio Kabupaten Tapanuli Utara telah mengalami perubahan, struktur organisasi sebelumnya berdasarkan Kuasa Pemilik Modal Nomor 01 Tahun 2020 tentang Organ dan Kepegawaian Perumda Mual Na Tio Kabupaten Tapanuli Utara. Struktur Organisasi yang digunakan saat ini adalah struktur organisasi yang ditetapkan dengan Peraturan Kuasa Pemilik Modal Perusahaan Umum Daerah Mual Na Tio Kabupaten Tapanuli Utara Nomor 01 Tahun 2023 tentang Organ dan Kepegawaian Perumda Mual Na Tio Kabupaten Tapanuli Utara. Struktur organisasi ini dimaksudkan untuk mendorong komitmen dalam memanajemen perusahaan serta untuk meningkatkan kualitas pelayanan dengan lebih berorientasi kepada pelanggan. Dengan struktur organisasi ini perusahaan akan dapat lebih dinamis, professional, transparan dan koordinatif antara satu unit kerja dengan unit kerja lainnya.